Le monde vivant est constitué de matière organique. Sous l'effet des micro-organismes du sol (bactéries, champignons, vers, etc...), la matière organique fraîche (feuilles, déjections animales, plantes mortes...) se transforme en éléments nutritifs pour les plantes. La matière organique joue ainsi un rôle physique en stabilisant les sols limoneux ou en augmentant la rétention en eau des sols sableux. Comme cette matière s'use, le jardinier veillera donc à en rapporter régulièrement.